این ژن نقش مهمی در تعیین چگونگی استفاده بدن ما از چربی‌ ها، خصوصاً چربی های اشباع شده دارد. همچنین این ژن بر ریسک چاقی تاثیر می‌گذارد. ارتباط این ژن با چاقی هنوز به طور کامل مشخص نیست، ولی احتمال می‌رود بر میزان بیان برخی هورمون ها، خصوصاً Ghrelin که اشتها را تنظیم می‌کند، تاثیر گذار باشد. همچنین تحقیقات اخیر نشان می‌دهد که این ژن در نحوه‌ی تحمل چربی در بدن ما، خصوصاً چربی های اشباع شده اثر دارد.

در تحقیقات به سرپرستی Emily Sonestedt اثبات شد که FTO با درشت مغذی های موجود در غذا ارتباط داشته و بر روی BMI تاثیر می‌گذارد. افراد با ژنوتیپ AA در یک رژیم پر کالری، دو برابر افراد با ژنوتیپ TT چاق می‌شوند. ولی در رژیم های کم کالری، ریسک چاقی این دو ژنوتیپ برابر است.